Los Grupos de trabajo de Medialab son comunidades basadas en el encuentro, el intercambio de conocimientos y el desarrollo de capacidades, que se reúnen, tanto física como virtualmente, en torno a diversas temáticas y ámbitos. Su sistema de organización es autónomo y está abierto a la participación de nuevas personas. Organizan actividades como talleres, charlas o sesiones de trabajo, entre otras, cuya periodicidad varía en función de las necesidades de cada grupo.
Algunos de estos grupos surgen como una continuación de los proyectos desarrollados en otros programas de Medialab Matadero, como los laboratorios y talleres de prototipado colaborativo o las residencias de investigación situada. Otros se activan a través de nuevas propuestas relacionadas con las líneas de trabajo de Medialab.
El programa de Grupos de trabajo se puso en marcha en 2013 con el inicio de la actividad de Medialab en la Serrería Belga, como respuesta a las necesidades de distintas comunidades que demandaban un espacio institucional en el que poder desarrollar diversos ámbitos de trabajo de manera más o menos autónoma.