A lo largo del año Medialab Matadero publica diferentes convocatorias para la participación en talleres de prototipado colaborativo en el marco de sus diferentes líneas de trabajo. En los talleres se puede participar bien como promotor de un proyecto -si una vez enviada la propuesta a una convocatoria ésta resultara seleccionada-, o bien como colaborador, formando parte de los grupos de desarrollo colaborativo que trabajan conjuntamente para sacar adelante las propuestas seleccionadas. En estos espacios se crean dinámicas de trabajo horizontal en el que los promotores y colaboradores aportan sus conocimientos e ideas, al mismo tiempo que aprenden del resto del grupo y de los mentores invitados. 

Además, Medialab acoge a numerosos grupos de trabajo o comunidades residentes en torno a temáticas muy diversas, que se reúnen periódicamente y están abiertos a la participación de cualquier persona interesada.